MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Lactobacillus casei ATCC 334 plasmid 1

Total Repeats: 338

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008502	GCA	2	6	425	430	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326659
2	NC_008502	ACA	2	6	465	470	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326659
3	NC_008502	CCA	2	6	514	519	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326659
4	NC_008502	CAACA	2	10	598	607	60 %	0 %	0 %	40 %	116326659
5	NC_008502	ACCA	2	8	697	704	50 %	0 %	0 %	50 %	116326659
6	NC_008502	TGA	2	6	705	710	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326659
7	NC_008502	AAT	2	6	739	744	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326659
8	NC_008502	ATC	2	6	754	759	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326659
9	NC_008502	TAAT	2	8	876	883	50 %	50 %	0 %	0 %	116326659
10	NC_008502	AGC	2	6	973	978	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326659
11	NC_008502	CAG	2	6	987	992	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326659
12	NC_008502	ATT	2	6	1177	1182	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326659
13	NC_008502	GGC	2	6	1189	1194	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116326659
14	NC_008502	TAA	2	6	1204	1209	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326659
15	NC_008502	GTT	2	6	1211	1216	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326659
16	NC_008502	CAT	2	6	1227	1232	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326659
17	NC_008502	GTA	2	6	1367	1372	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326659
18	NC_008502	ATGC	2	8	1407	1414	25 %	25 %	25 %	25 %	116326659
19	NC_008502	GCAA	2	8	1417	1424	50 %	0 %	25 %	25 %	116326659
20	NC_008502	AAAG	2	8	1483	1490	75 %	0 %	25 %	0 %	116326659
21	NC_008502	AAT	2	6	1492	1497	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326659
22	NC_008502	TCT	2	6	1550	1555	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326659
23	NC_008502	TTG	2	6	1658	1663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326659
24	NC_008502	CAC	2	6	1668	1673	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326659
25	NC_008502	GCA	2	6	1706	1711	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326659
26	NC_008502	TTCA	2	8	1732	1739	25 %	50 %	0 %	25 %	116326659
27	NC_008502	TAA	2	6	1758	1763	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326659
28	NC_008502	CTT	2	6	1836	1841	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326659
29	NC_008502	GCC	2	6	1889	1894	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	116326659
30	NC_008502	CATT	2	8	1929	1936	25 %	50 %	0 %	25 %	116326659
31	NC_008502	CGAA	2	8	1983	1990	50 %	0 %	25 %	25 %	116326659
32	NC_008502	AAG	2	6	2018	2023	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116326659
33	NC_008502	TTG	2	6	2024	2029	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326659
34	NC_008502	TCA	2	6	2088	2093	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326659
35	NC_008502	AAAGT	2	10	2155	2164	60 %	20 %	20 %	0 %	116326659
36	NC_008502	CAAA	2	8	2172	2179	75 %	0 %	0 %	25 %	116326659
37	NC_008502	GAT	2	6	2182	2187	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326659
38	NC_008502	CAA	2	6	2193	2198	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326659
39	NC_008502	CAT	2	6	2317	2322	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326659
40	NC_008502	CAT	3	9	2335	2343	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326659
41	NC_008502	CCATAT	2	12	2355	2366	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326659
42	NC_008502	TCA	2	6	2522	2527	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326659
43	NC_008502	ATT	2	6	2554	2559	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326659
44	NC_008502	TTG	2	6	3001	3006	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326660
45	NC_008502	CA	3	6	3022	3027	50 %	0 %	0 %	50 %	116326660
46	NC_008502	CAAA	2	8	3034	3041	75 %	0 %	0 %	25 %	116326660
47	NC_008502	CTGCCG	2	12	3046	3057	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116326660
48	NC_008502	CAA	2	6	3076	3081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326660
49	NC_008502	GCC	2	6	3107	3112	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	116326660
50	NC_008502	TGC	2	6	3114	3119	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326660
51	NC_008502	GTT	2	6	3162	3167	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326660
52	NC_008502	CCAT	2	8	3253	3260	25 %	25 %	0 %	50 %	116326660
53	NC_008502	TTG	2	6	4560	4565	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326661
54	NC_008502	GGC	2	6	4616	4621	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116326661
55	NC_008502	TGG	2	6	4783	4788	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	116326661
56	NC_008502	GAC	2	6	4840	4845	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326661
57	NC_008502	CAG	2	6	4971	4976	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326661
58	NC_008502	ATG	2	6	5956	5961	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326662
59	NC_008502	TCAC	2	8	5968	5975	25 %	25 %	0 %	50 %	116326662
60	NC_008502	TTTG	2	8	5996	6003	0 %	75 %	25 %	0 %	116326662
61	NC_008502	GAA	2	6	6033	6038	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116326662
62	NC_008502	CAT	2	6	6122	6127	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326662
63	NC_008502	AATC	2	8	6167	6174	50 %	25 %	0 %	25 %	116326662
64	NC_008502	CTTT	2	8	6223	6230	0 %	75 %	0 %	25 %	116326662
65	NC_008502	CCAATC	2	12	6330	6341	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	116326662
66	NC_008502	GTC	2	6	6343	6348	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326662
67	NC_008502	CG	3	6	6391	6396	0 %	0 %	50 %	50 %	116326662
68	NC_008502	ATT	2	6	6477	6482	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326662
69	NC_008502	CAA	2	6	6488	6493	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326662
70	NC_008502	TCA	2	6	6514	6519	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326662
71	NC_008502	TGA	2	6	6559	6564	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326662
72	NC_008502	CGG	2	6	6668	6673	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116326662
73	NC_008502	TA	3	6	6761	6766	50 %	50 %	0 %	0 %	116326662
74	NC_008502	CCA	2	6	6788	6793	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326662
75	NC_008502	TTG	2	6	6867	6872	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326662
76	NC_008502	ACTTC	2	10	6911	6920	20 %	40 %	0 %	40 %	116326662
77	NC_008502	TTC	2	6	6927	6932	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326662
78	NC_008502	GTC	2	6	6960	6965	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326662
79	NC_008502	ATG	2	6	7023	7028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326662
80	NC_008502	ATG	2	6	7050	7055	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326662
81	NC_008502	GGC	2	6	7056	7061	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116326662
82	NC_008502	TCA	2	6	7198	7203	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326662
83	NC_008502	GAT	2	6	7208	7213	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326662
84	NC_008502	TGG	2	6	7298	7303	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	116326662
85	NC_008502	CGG	2	6	7322	7327	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116326662
86	NC_008502	CAA	2	6	7411	7416	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326663
87	NC_008502	TTG	2	6	7437	7442	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326663
88	NC_008502	GTT	2	6	7467	7472	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326663
89	NC_008502	T	6	6	7506	7511	0 %	100 %	0 %	0 %	116326663
90	NC_008502	GCG	2	6	7537	7542	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116326663
91	NC_008502	GCGG	2	8	7595	7602	0 %	0 %	75 %	25 %	116326663
92	NC_008502	GTTT	2	8	7636	7643	0 %	75 %	25 %	0 %	116326663
93	NC_008502	CCA	3	9	7671	7679	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326663
94	NC_008502	CA	3	6	7681	7686	50 %	0 %	0 %	50 %	116326663
95	NC_008502	TTTG	2	8	7708	7715	0 %	75 %	25 %	0 %	116326663
96	NC_008502	TCG	2	6	7770	7775	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326663
97	NC_008502	CGT	2	6	7849	7854	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326663
98	NC_008502	TTC	2	6	7880	7885	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326663
99	NC_008502	GAAT	2	8	7912	7919	50 %	25 %	25 %	0 %	116326663
100	NC_008502	CATGG	2	10	8025	8034	20 %	20 %	40 %	20 %	116326663
101	NC_008502	CAT	2	6	8039	8044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326663
102	NC_008502	GAA	2	6	8120	8125	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116326663
103	NC_008502	CAAA	2	8	8152	8159	75 %	0 %	0 %	25 %	116326663
104	NC_008502	ATG	2	6	8244	8249	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326663
105	NC_008502	ACC	2	6	8256	8261	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326663
106	NC_008502	CCA	2	6	8277	8282	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326663
107	NC_008502	CCTG	2	8	8337	8344	0 %	25 %	25 %	50 %	116326663
108	NC_008502	TGC	2	6	8349	8354	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326663
109	NC_008502	GCT	2	6	8361	8366	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326663
110	NC_008502	ACA	2	6	8388	8393	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326663
111	NC_008502	AGA	2	6	8434	8439	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116326663
112	NC_008502	GCG	2	6	8497	8502	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116326663
113	NC_008502	GTA	2	6	8681	8686	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326663
114	NC_008502	ATTTG	2	10	8832	8841	20 %	60 %	20 %	0 %	116326663
115	NC_008502	GTCA	2	8	8867	8874	25 %	25 %	25 %	25 %	116326663
116	NC_008502	CAT	2	6	9002	9007	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326663
117	NC_008502	GAT	3	9	9023	9031	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326663
118	NC_008502	AT	3	6	9069	9074	50 %	50 %	0 %	0 %	116326663
119	NC_008502	AGC	2	6	9080	9085	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326663
120	NC_008502	GAT	2	6	9314	9319	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326664
121	NC_008502	TCGT	2	8	9329	9336	0 %	50 %	25 %	25 %	116326664
122	NC_008502	CTCA	2	8	9338	9345	25 %	25 %	0 %	50 %	116326664
123	NC_008502	GTCG	2	8	9478	9485	0 %	25 %	50 %	25 %	116326664
124	NC_008502	TAG	2	6	9519	9524	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326664
125	NC_008502	TGA	2	6	9552	9557	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326664
126	NC_008502	CTT	2	6	9568	9573	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326664
127	NC_008502	T	6	6	9666	9671	0 %	100 %	0 %	0 %	116326664
128	NC_008502	CCTG	2	8	9795	9802	0 %	25 %	25 %	50 %	116326664
129	NC_008502	AAT	2	6	9893	9898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326664
130	NC_008502	GTC	2	6	9909	9914	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326664
131	NC_008502	T	6	6	9933	9938	0 %	100 %	0 %	0 %	116326664
132	NC_008502	TCT	2	6	9988	9993	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326664
133	NC_008502	GTT	3	9	10097	10105	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326664
134	NC_008502	AAG	2	6	10808	10813	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116326665
135	NC_008502	CTG	2	6	10835	10840	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326665
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138	NC_008502	GCC	2	6	11188	11193	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	116326665
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142	NC_008502	T	6	6	12333	12338	0 %	100 %	0 %	0 %	116326666
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159	NC_008502	TGA	2	6	13446	13451	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326667
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247	NC_008502	T	6	6	19460	19465	0 %	100 %	0 %	0 %	116326671
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257	NC_008502	TTG	2	6	22415	22420	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326672
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259	NC_008502	TGG	2	6	22638	22643	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	116326672
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261	NC_008502	CCA	2	6	23328	23333	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326673
262	NC_008502	GTT	2	6	23371	23376	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326673
263	NC_008502	T	7	7	23379	23385	0 %	100 %	0 %	0 %	116326673
264	NC_008502	TTG	2	6	23426	23431	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326673
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266	NC_008502	AAT	2	6	23512	23517	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326673
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269	NC_008502	TGT	2	6	23602	23607	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326673
270	NC_008502	T	6	6	23633	23638	0 %	100 %	0 %	0 %	116326673
271	NC_008502	TA	3	6	23745	23750	50 %	50 %	0 %	0 %	116326673
272	NC_008502	TAG	2	6	23802	23807	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326673
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284	NC_008502	CCA	2	6	25244	25249	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326674
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295	NC_008502	TTA	2	6	25636	25641	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326674
296	NC_008502	TTC	2	6	25710	25715	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326674
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.